O agente 99 era um detetive que trabalhava para uma agência secreta de espionagem conhecida como Control, que lutava contra kaos, que era outra agência internacional de espionagem e que, como Control, estava baseada em alguma cidade imaginária nos Estados Unidos da América (EUA). S. Para. ) . Agente 99 normalmente operava com o Super Agente 86.
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